1. Warna dasar hijau merupakan lambang Ilmu atau Kehidupan, diharapkan Murid MA Khomsani Nur mempunyai Ilmu atau kehidupan yang bermanfaat .
2. Warna dasar kuning merupakan lambang Tawadhu' artinya semua murid harus mencerminkan sikap Tawadhu dan BerAkhlaq yang baik.
3. Bintang Sembilan merupakan lambang Wali 9, artinya semua murid harus fleksibel dalam pergaulan di masyarakat dan mampu menjaga nama baik sama halnya ketika Wali 9 berdakwah , sehingga bisa diterima dengan baik oleh Masyarakat.
4. Tulisan خمساني نور terdiri dari 2 kalimat yaitu
خمساني
yang merupakan mubtada' dari wazan فعلان
yang mudhof pada dhomir ي mutakallim, sementara نور merupakan Khobar ,sehingga خمساني نور merupakan Tarkib Isnadi atau Murokkab Isnadi. yang berarti Generasi yang menjadi Tentaranya Rosul SAW yaitu Generasi yang mempunyai 5 cahaya dalam artian mampu menjaga Sholat 5 waktu.
5. Buku / Kitab Merupakan lambang pengikat Ilmu, artinya Ilmu yang didapatkan dari sekolah harus sebisa mungkin diamalkan dan berkah. Amin.
Ayoeb Taufani Zaman
MA KHOMSANI NUR